E-coli

De bacteriestam (E. coli HB101-pBRKan) die jullie krijgen tijdens dit practicum heeft van nature een werkend lacZ gen en is in staat om het Cas9 eiwit te produceren. Tevens bevat de bacteriestam een plasmide die de genen bevat voor het HDR- herstelmechanisme. In deze bacteriën wordt de expressie van het HDR-herstelmechanisme bestuurd door een arabinose induceerbare promotor. Als de bacteriën worden blootgesteld aan arabinose zal dit het HDR-herstelmechanisme aanzetten. Alleen dan is het voor de bacteriecellen mogelijk om donorDNA-template te gebruiken om een dubbelstrengsbreuk te repareren. Net zoals bij vele andere laboratoriumstammen van E. coli, zijn de bacteriën zo gemodificeerd dat het NHEJ- herstelmechanisme niet meer functioneert. Dit is gedaan om veiligheidsredenen.

De bacteriecellen die in aanraking zijn geweest met arabinose behouden de enzymen en dus de functionaliteit van het HDR-herstelmechanisme, ook al zouden ze worden overgeplaatst naar een voedingsbodem zonder arabinose. De door deling ontstane dochtercellen zullen echter geen HDR-enzymen produceren, tenzij deze ook aan arabinose worden blootgesteld.