V5 Practicum DNA
De onderdelen
- Cas enzym (Cas9)
- Een bacterieel enzym dat DNA knipt op een doelgerichte locatie. Dit is een locatie met een specifieke herkenningssequentie bestaande uit 20 nucleotiden en noemen we protospacer. De protospacer is onderdeel van het gids-RNA dat is verbonden met het enzym. Bij het knippen van het DNA ontstaat er een rechte dubbelstrengsbreuk.
- Single guide RNA (sgRNA).
- Dit is een synthetisch geproduceerde vorm van gids-RNA dat een complex vormt met Cas9. Het sgRNA is ongeveer 100 nucleotiden lange samensmelting van 2 gebieden die van nature uit 2 aparte RNA’s bestaan. Deze 2 aparte gebieden zijn:
- Guiding region (spacer gebied); Deel van het crRNA gebied dat meestal 20 nucleotiden lang is. Dit gebied is complementair (tegengesteld) aan de specifieke herkenningssequentie (protospacer) binnen het DNA en deze bepaald waar Cas9 het DNA knipt. Wetenschappers zijn in staat dit gebied makkelijk aan te passen om zo doelgericht locaties binnen het DNA te kunnen knippen.
- Scaffold region (tracrRNA); Dit gebied noemen we transactivating CRISPR RNA ofwel tracrRNA en deze vormt een soort haarspeltbochtige structuur dat zich stevig vastbindt in een opening van het Cas9 eiwit. De sequentie van deze regio is normaal gesproken hetzelfde voor alle sgRNA’s
- Dit is een synthetisch geproduceerde vorm van gids-RNA dat een complex vormt met Cas9. Het sgRNA is ongeveer 100 nucleotiden lange samensmelting van 2 gebieden die van nature uit 2 aparte RNA’s bestaan. Deze 2 aparte gebieden zijn:
- Protospacer adjacent motif (PAM)
- De PAM-sequentie functioneert als herkenning en bindingsplaats voor het Cas9 eiwit.
Licentie: eigendomslicentie