Stambomen

Een stamboom is gebaseerd op informatie uit het DNA. DNA-moleculen bevatten vier verschillende stikstofbasen. De volgorde van deze stikstofbasen vormt een code. Aan de hand van deze code worden eiwitten gemaakt.

Eiwitten zijn opgebouwd uit bouwstenen, Zoals een koord met verschillende kralen. Iedere kraal is een aminozuur. De mens kan 20 verschillende aminozuren in een eiwit bouwen. Elk aminozuur heeft een naam die vaak wordt afgekort tot één letter. Dit wordt de een lettercode genoemd. Verschillende eiwitten zijn opgebouwd uit verschillende volgordes van aminozuren en zijn weer te geven als verschillende reeksen van één lettercodes. Deze aminozuur-reeksen van eiwitten kun je met elkaar vergelijken. In deze les gaat het om het vergelijken van eiwitten die in verschillende organismen voorkomen, maar dezelfde functie hebben, bijvoorbeeld de code voor hemoglobine in mensen en chimpansees. De codes voor hemoglobine uit verschillende organismen zullen weer meer op elkaar lijken naarmate de organismen meer verwant zijn. Hier gaat hetzelfde verhaal als bij DNA over verwantschap weer op. Alleen vergelijk je nu de eiwit code in plaats van de DNA-code.

Het vergelijken van eiwitten aan de hand van hun aminozuurvolgorde wordt alignen genoemd. Je legt de codes van de verschillende eiwitten dan als het ware over elkaar heen.

De eiwitten moeten wel op elkaar lijken als je wilt alignen, anders weet je niet welke delen je over elkaar heen moet leggen. Als je de eiwit codes alignt kun je goed de verschillen tussen twee eiwitten zien. Je kan ook meerdere eiwitten tegelijk alignen.