Phylogenie

Het onderzoek naar verwantschap gebeurt onder andere door:

• het vergelijken van morfologische en anatomische eigenschappen van (tegenwoordig) levende soorten en fossielen; bij het bestuderen van biologische eigenschappen die bij verschillende soorten voorkomen is het belangrijk onderscheid te maken tussen homologieën van analogieën;
• het vergelijken van de ontwikkelingsbiologie en van de levenscyclus van levende soorten;
• onderzoek naar sequenties in macromoleculen, eerst vooral van aminozuren in eiwitten en later van nucleotiden in DNA en in RNA.

Een probleem bij de fylogenie is, dat het proces dat eigenschappen tot stand brengt (evolutie) in de regel niet direct geobserveerd kan worden. Daarom moeten soms aannames gemaakt worden om tot plausibele fylogenieën te komen. Afhankelijk van de bestudeerde eigenschappen kan er verschil van inzicht bestaan over deze aannames, die dan resulteren in verschillende fylogenetische stambomen.

Cladistiek is tegenwoordig een analysemethode die veel wordt gebruikt in de systematiek om de evolutionaire relaties tussen organismen proberen te bepalen. Een belangrijke aanname is maximale parsimonie. Maximale parsimonie veronderstelt een minimum aan evolutionaire veranderingen. Een andere belangrijke aanname is dat verwantschap alleen is te beoordelen op grond van gezamenlijke afgeleide kenmerken, en niet op grond van overeenkomst in "primitieve" kenmerken.